O Conselho Geral é o orgão responsável pela definição das linhas orientadoras da atividade do Agrupamento, com respeito pelos princípios consagrados na Constituição da República e na Lei de Bases do Sistema Educativo. Neste órgão é assegurada a participação e representação da comunidade educativa, uma vez que tem na sua composição, para além de docentes, representantes dos pais e encarregados de educação, do pessoal não docente, do município e da comunidade local.
O Conselho Geral do Agrupamento de Escolas nº1 de Serpa é constituído por vinte e um elementos: 8 representantes do pessoal docente, 2 representantes do pessoal não docente, 6 representantes dos pais e encarregados de educação, 3 representantes do município e 2 representantes da comunidade local. Participa também no Conselho Pedagógico a Diretora do Agrupamento, embora sem direito a voto.
Composição do Conselho Geral do Agrupamento de Escolas n.º 1 de Serpa:
